جاء المجلد الأول بسبعة فصول بعد التمهيد، ولكل فصل مبحثين، فقد تناول الفصل الأول (دور مدرسة الشيخ الطوسي وامتداداتها البحثية)، والفصل الثاني (دور الفتور النسبي في البحث الفقهي/ الأصولي وكبار علماء هذا الدور)، الفصل الثالث (دور تعافي البحث العلمي في حوزة النجف الأشرف على يد المقداد السيوري وكبار علماء عصره)، الفصل الرابع (دور الشيخ علي الكركي في تطوير البحث الفقهي/ الأصولي في هذا العصر)، الفصل الخامس (دور الشيخ أحمد بن محمد المعروف بالمقدّس الأردبيلي وكبار تلامذته وتلامذة تلامذته في تطوير الحركة العلمية خلال هذا العصر)، الفصل السادس (دور الشيخ فخر الدين الطريحي وكبار تلامذته في تطوير البحث الفقهي، الأصولي اللغوي في هذا العصر، والفصل السابع (دور الشيخ عبد الحسن الفتوني، والسيد صدر الدين محمد ابن محمد باقر بن محمد علي رضوي النجفي، والشيخ محمد مهدي الفتوني، الشيخ محمد تقي الدورقي تطوير البحث العلمي في هذا العصر).
أما المجلد الثاني فجاء بخمسة فصول، إذ تناول الفصل الأول (دور السيد محمد مهدي بحر العلوم، والشيخ جعفر كاشف الغطاء وأنجاله المراجع، وغيرهم من العلماء في تطوير الحركة العلمية في هذا العصر)، الفصل الثاني (دور الشيخ محمد حسن النجفي (الجواهري) في تطوير البحث الفقهي، الأصولي خلال هذا العصر)، الفصل الثالث (دور الشيخ مرتضى الأنصاري وكبار معاصري وتلامذته في تطوير البحث الفقهي/ الأصولي خلال هذا العصر)، الفصل الرابع (دور المحققين الثلاثة: الشيخ محمد حسين النائيني، والشيخ محمد حسين الأصفهاني المعروف بالكمباني، والشيخ أغا ضياء العراقي في تطوير البحث العلمي خلال هذا العصر)، الفصل الخامس (دور أعلام تلامذة المحققين الثلاثة (النائيني، الأصفهاني، العراقي) في تطوير البحث العلمي خلال هذا العصر.
